昆明市疾病预防控制中心于2002年3月由原昆明市卫生防疫站、原昆明市皮肤病防治院、原昆明市结核病防治所合并组建成立。

2017年5月，昆明市健康教育所整合并入昆明市疾病预防控制中心，加挂昆明市卫生检验中心、昆明市健康教育所牌子，为昆明市卫生健康委员会管理的公益一类事业单位，机构规格正县级。

2023年12月加挂昆明市卫生监督所牌子，2025年4月卫生监督职能正式划入，为昆明市卫生健康委员会所属公益一类事业单位，规格为正处级。

在市委、市政府和市卫生健康委的领导下，昆明市疾病预防控制中心具体实施疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、公共卫生监督与医疗卫生监督执法、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检验检测与评价、健康教育与健康促进、科学研究、技术管理与应用研究指导等任务。

中心现有党委委员9名，中心党委下设6个在职党支部、2个离退休党支部，现有党员281名，其中离退休党员68名；核定领导干部职数8名，其中党委书记1名，主任1名，党委专职副书记1名，纪委书记1名，副主任4名。实有处级干部7名，科级干部2名（其中保留正科级待遇1人）。

中心内设机构23个，业务科室14个；核定事业编468名，截至2025年12月，在职人数371名，各类专业技术人员303人（81.67%），管理人员49人（13.21%），工勤人员19人（5.12%）；高职、中职和初职（含未定级）人员分别为79人（21.29%）、128人（34.5%）、96人（25.88%）；学历分布为博士1人（0.27%）、硕士120人（32.35%）、本科211人（56.87%）、大专及以下39人（10.51%）。

中心共有办公区6个，分别是紫云路办公区、土桥办公区、豆腐营办公区、花香四季办公区、金马寺办公区和安宁一六村麻风病防治疗养院。工作用房总面积20986.3㎡，其中办公用房10681.15㎡，业务用房2212.28㎡，实验室用房6603.37㎡，保障用房1489.5㎡，目前正在进行能力提升项目建设。共有检验、监测设备1749台，总价值人民币1.350847亿元，固定资产总额2.2494亿余元。

中心通过检验检测机构资质认定项目9类379项，通过国家实验室认可项目25类220项。中心现拥有7项资质：实验室认可证书、检验检测机构资质认定证书、职业卫生技术服务机构资质、放射卫生技术服务机构资质、艾滋病中心实验室、艾滋病确证实验室、艾滋病筛查实验室。建有负压二级生物安全实验室、普通二级生物安全实验室和百级洁净实验室，可开展SARS、新冠、高致病性禽流感等高致病性病原微生物检测和常规的理化、微生物、临床检验等项目。

现有云南省有突出贡献优秀专业技术人才1名、昆明市有突出贡献优秀专业技术人员3名、云南省“兴滇英才支持计划”医疗卫生人才1名，春城计划“春城名医”2名，昆明市科技局中青年技术带头人1名，昆明市卫生健康委员会“十百千”工程，“十”工程1名、“百”工程8名、“千”工程18名、技术中心4个。

中心先后获得全国卫生系统先进集体、全国疾病预防控制工作先进集体、抗击“非典”先进集体、抗震救灾重建家园“工人先锋号”、全国抗击新冠肺炎疫情先进集体、云南省文明单位、云南省防治非典型肺炎先进集体、全国麻风病防治工作先进集体、全国艾滋病防治工作先进集体等荣誉称号。

中心25名职工先后获得云南省优秀共产党员、云南省抗击新冠肺炎疫情先进个人、“三八”红旗手，“中国好医生”，云南省“兴滇人才”、“名医专项”和云南省优秀医疗卫生人员、省市劳动模范、市五一劳动奖章、和谐家庭、昆明好人、昆明市道德模范、最美医者等荣誉称号。

2025年疾控体系改革以来，始终坚持以人民健康为中心，以推动高质量发展为主题，以筑牢公共卫生安全防线为核心目标，积极对接疾控领域强基工程，深化改革成果，补强短板弱项，提升系统效能。同时坚持走以科研为依托，以人才为根本，实行科学化、规范化、制度化管理，努力创建疾病预防控制与公共卫生技术管理与服务的新体系、新机制和工作的新局面，为保障全市人民的身体健康、提高生活质量服务，为全市社会发展和经济建设保驾护航。