昆明市疾病预防控制中心于2002年3月成立，由原昆明市卫生防疫站、昆明市皮肤病防治院、昆明市结核病防治所合并组建，2017年5月，昆明市健康教育所整合并入昆明市疾病预防控制中心（加挂昆明市卫生检验中心、昆明市健康教育所牌子），为昆明市卫生健康委员会管理的公益一类事业单位，机构规格正县级。2023年12月26日，昆明市疾病预防控制中心（昆明市卫生监督所）挂牌仪式在市疾控中心土桥办公区举行，标志着两机构整合正式启动。

昆明市疾病预防控制中心在市委、市政府和市卫生健康委的领导下具体实施疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等任务。

中心现有党委委员8名，中心党委下设6个在职党支部、2个离退休党支部。截至2024年10月有党员264名，其中离退休党员68名。编委核定领导干部职数4名，其中主任1名，副主任3名，实有处级干部3名（其中保留副处级待遇1人），科级干部5名（其中保留正科级待遇1人）。

中心内设行政后勤科室8个，业务科室22个；中心核定事业编370名，截至2024年12月，在职人数336名，各类专业技术人员297人（88.4%），管理人员23人（6.8%），工勤人员16人（4.7%）；高职、中职和初职（含未定级）人员分别为81人（27.1%）、131人（43.8%）、65人（21.7%）；学历分布为博士1人（0.3%）、硕士98人（29%）、本科196人（58.5%）、大专及以下41人（12.2%）。现有昆明市有突出贡献优秀专业技术人员3名，春城计划“春城名医”在培2人，“云南省兴滇英才名医专项”1名，昆明市卫生健康委员会“百”工程后备人选培养人3名和“千”工程后备人选培养人2名。

中心共有办公区8个，分别是紫云路办公区、土桥办公区、豆腐营办公区、白马办公区、花香四季办公区、金马寺办公区、高楼房办公区和安宁一六乡麻风病防治疗养院，最远办公区距离主城区约100公里。目前紫云路办公区正在进行能力提升项目建设。工作用房总面积26652㎡，其中行政用房5262.3㎡，业务用房11589.2㎡，实验室用房6488㎡，保障用房3312.5㎡。共有检验、监测设备2168台，总价值人民币17629.4万元，总固定资产2.4349亿余元。

中心通过检验检测机构资质认定项目9类379项，通过国家实验室认可项目21类200项。现拥有7项资质：实验室认可证书、检验检测机构资质认定证书、职业卫生技术服务机构资质、放射卫生技术服务机构资质、艾滋病中心实验室、艾滋病确证实验室、艾滋病筛查实验室。建有负压二级生物安全实验室、普通二级生物安全实验室和百级洁净实验室，可开展SARS、新冠、高致病性禽流感等高致病性病原微生物检测和常规的理化、微生物、临床检验等项目。

中心先后获得全国卫生系统先进集体、全国疾病预防控制工作先进集体、抗击“非典”先进集体、抗震救灾重建家园“工人先锋号”、全国抗击新冠肺炎疫情先进集体、云南省文明单位、云南省防治非典型肺炎先进集体等荣誉称号。中心职工也先后获得云南省优秀共产党员、云南省抗击新冠肺炎疫情先进个人、“三八”红旗手，“中国好医生”，云南省“兴滇人才”“名医专项”和云南省优秀医疗卫生人员等荣誉称号。

2020年9月8日，中共中央、国务院、中央军委授予昆明市疾病预防控制中心“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。