昆明市疾病预防控制中心于2002年1月23日成立，由原昆明市卫生防疫站、昆明市皮肤病防治院、昆明市结核病防治所合并组建昆明市疾病预防控制中心，同时加挂“昆明市卫生检验中心”的牌子。2017年5月5日，昆编复[2017]23号《昆明市机构编制委员会关于调整昆明市疾病预防控制中心机构编制有关事项的批复》文件，将昆明市健康教育所整合并入昆明市疾病预防控制中心。调整组建后，昆明市疾病预防控制中心（加挂昆明市卫生检验中心、昆明市健康教育所牌子）为昆明市卫生健康委员会管理的公益一类事业单位，机构规格正县级。

昆明市卫生检验中心（以下简称中心）承担昆明市疾病类、病原学监测及食品安全风险、饮用水、从业人员健康体检、消毒效果监测、医院监测、工作场所有毒有害物质、放射防护、公共场所环境质量、病媒防治、突发公共卫生事件等方面的监测检验工作，涉及监测检测科室10个。现通过国家实验室认可项目25类220个参数，通过省级检验检测机构资质认定项目14类750个参数。

中心现拥有7项资质实验室认可证书、检验检测机构资质认定证书、职业卫生技术服务机构资质、放射卫生技术服务机构资质、艾滋病中心实验室、艾滋病确证实验室、艾滋病筛查实验室。

中心不断充实检验人员技术力量，中心现有在岗检测人员150人，平均年龄39岁，正高9人、副高29人、中职45人、初职及以下67人；博士1人，硕士67人、大学70人、大专9人、中专2人、高中及以下1人。

现有市级卫生科技人才培养十百千工程“十工程”培养人1人，“百工程”培养人4人，“千工程”培养人6人，技术中心1个；第十七批昆明市中青年学术和技术带头的及后备人1人；“春城计划”春城名医1人。

疾病项目检测能力是疾病预防控制工作的保障，目前中心开展的疾病类检测项目主要有：新冠检测（核酸、抗体）、结核分枝杆菌、霍乱弧菌、伤寒/副伤寒沙门氏菌、炭疽芽胞杆菌、变形杆菌、麻疹病毒、风疹病毒、手足口病毒、流感/人禽流感、SARS病毒、MERS病毒、寨卡病毒、诺如病毒、乙脑病毒、黄热病病毒、HIV抗体初筛/确证检测、CD4+淋巴细胞检测、梅毒血清学、鼠疫菌、登革热病毒抗体、血吸虫卵、肺吸虫、丝虫、蛔虫、鞭虫、华枝睾吸虫卵等疾病及寄生虫检测。

中心秉承“质量第一、依法公正、科学求真、服务优质”的质量方针，以“创建一个高水平、高质量，为社会提供优质高效服务的检测实验室，达到国内同类实验室先进水平”为质量目标，充分利用现有技术和设备优势，在卫生检测和疾病监测技术领域，广泛开展卫生检测和疾病监测相关的研究，在保证已有项目检测质量的基础上，积极研讨，开发社会需求的检测新技术、新方法，为全市人民健康服务，为全市社会发展和经济建设服务。